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建议 为105~107等功能设置默认值,为402增加反选功能

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发表于 2024-12-10 19:42:20 | 显示全部楼层 |阅读模式
目前版本中,105~107功能是将其他格式的结构文件转化为vasp所用的poscar文件:
105) Generate POSCAR File from cif (no fractional occupations)   
106) Generate POSCAR File from Material Studio xsd (retain fixes)
107) Reformat POSCAR File in Specified Order of Elements   
但是现在这三个选项在输入后会要求用户输入结构的文件名(甚至必须带后缀),相当不方便,所以在这里建议可以什么也不输入时,自动检测工作目录下符合选项的后缀名的文件,并对它们进行转换。
如果仅存在一个符合要求的文件时,生成文件命名为POSCAR,如果存在多个符合要求的文件时,自动将生成的结构文件重命名为对应文件名.vasp
此外,402功能中最后一步选择固定原子方向的步骤:
-->> (02) Written SELECTED_ATOMS_LIST File!
Input the direction index to fix [1 <= & <= 3]
1) x direction
2) y direction
3) z direction
(Free Format is Compatible, e.g., 1 2 1-3 all)
个人认为也可以将all作为默认值使用,因为大部分时候都是需要全方向固定的

另一个比较需要的功能是402的固定原子功能是需要一个“选择反向”的功能,或者说需要一个“指定哪些原子不被固定”的选择模式。比如在进行高通量吸附结构计算时,可能大部分时候需要被固定的“基底”的原子种类是变化的,而被吸附基团则是恒定元素组成的,如果能以“指定哪些原子不被固定”的方式去固定结构原子,会方便很多。
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