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能否计算AIMD过程的化学键浓度变化?

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发表于 2021-9-22 21:13:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
RT,vasp跑了20PS的AIMD,现在希望得到Fe-O键数量(浓度)的变化(Fe-O/与O有关的键),查找了论文,论文中给出的公式看不太明白,请问vaspkit能否得到呢?或者其他软件也可以?

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发表于 2021-9-23 08:14:51 | 显示全部楼层
可能需要自己编程实现,首先读入XDATCAR文件,循环计算每一帧里各类化学键的数量,写代码不是那么难。
若使用VASPKIT软件请引用文献 Computer Physics Communications 267, 108033, (2021) ,您的支持是对我们付出的最大肯定。
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发表于 2023-3-19 22:20:44 | 显示全部楼层
给定了公式,需要编程,需要提取XDATCAR的轨迹文件进行分析
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