msd的计算有点问题。

maoxinxina

这里我对msd的计算理解为|r(t)-r(0)|2，但是发现计算出来的和vaspkit的不一样。图中是我计算出来的例子。然后有参考vaspkit教程上给出的例子里面https://vaspkit.com/tutorials.html#molecular-dynamics-process这个里面的msd也不等于dx2+dy2+dz2,想请教一下vaspkit里面是如何实现msd的计算的，谢谢。