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VASPKIT计算弹性常数批处理脚本问题

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发表于 2021-9-30 15:16:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位专家大家好:

              在使用VASPKIT中的脚本计算弹性常数时,直接使用VASPKIT提供的脚本出现计算死机。原因可能是所有应变下的文件夹任务被循环同时提交了。请问如何修改,让一个计算任务结束后再开始另外一个计算?非常感谢!下面是shell脚本的内容。

          #!/bin/bash
          root_path=`pwd`
          for cij in `ls -F | grep /$`
          do
          cd ${root_path}/$cij
          for s in strain_*
          do
          cd ${root_path}/$cij/$s
          echo `pwd`
          mpirun -np 24 /home/w12/Public/vasp.6.1.0/bin/vasp_std > out&
          done
          done

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发表于 2021-9-30 15:57:17 | 显示全部楼层
vaspkit.1.3具有自动提交作业功能,可以实现批量提交作业,按照下图所列步骤试试。
C4813F21-16D8-4DC1-914D-3D3D1021E091.png
若使用VASPKIT软件请引用文献 Computer Physics Communications 267, 108033, (2021) ,您的支持是对我们付出的最大肯定。
VASPKIT英文网址https://vaspkit.com, 中文网址http://vaspkit.cn, 中文论坛http://bbs.vaspkit.cn, QQ学术交流群:331895604和498683602, 微信公众号:VASPKIT
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 楼主| 发表于 2021-9-30 22:14:15 | 显示全部楼层
非常感谢!
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 楼主| 发表于 2021-10-16 21:48:55 | 显示全部楼层
vaspkit 发表于 2021-9-30 15:57
vaspkit.1.3具有自动提交作业功能,可以实现批量提交作业,按照下图所列步骤试试。 ...

请问如果单机计算机器中没有安装slurm或者pbs排队软件,如何在shell脚本中设置让VASP计算完一个文件夹后,再开始另外一个文件夹任务的计算呢?非常感谢!
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发表于 2021-10-18 14:19:02 | 显示全部楼层
你第一次发的那个脚本就可以。
若使用VASPKIT软件请引用文献 Computer Physics Communications 267, 108033, (2021) ,您的支持是对我们付出的最大肯定。
VASPKIT英文网址https://vaspkit.com, 中文网址http://vaspkit.cn, 中文论坛http://bbs.vaspkit.cn, QQ学术交流群:331895604和498683602, 微信公众号:VASPKIT
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 楼主| 发表于 2021-10-19 15:51:07 | 显示全部楼层
vaspkit 发表于 2021-10-18 14:19
你第一次发的那个脚本就可以。

这个脚本不行,如果执行的话,所有循环的结构的计算会同时运行,导致计算机死机。
我们在命令mpirun -np 24 /home/w12/Public/vasp.6.1.0/bin/vasp_std > out&后加了wait也不行。
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发表于 2021-10-27 23:29:01 来自手机 | 显示全部楼层
把你的脚本中的&去掉,用nohup ./**.sh &运行就行!
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 楼主| 发表于 2021-11-11 14:01:22 | 显示全部楼层
波云见天 发表于 2021-10-27 23:29
把你的脚本中的&去掉,用nohup ./**.sh &运行就行!

非常感谢!
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