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xyz2cif小程序分享—cp2k结构优化的xyz文件转化为cif文件

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管理员

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发表于 2022-2-11 18:35:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
cp2k结构优化输出的默认是xyz文件,其中不包含晶格信息。为了快速将结果输出,转化为cif文件、POSCAR文件,鄙人写了个小脚本(xyz2cif),读取xyz(自动读取最后一帧)、原始结构文件,快速生成cif、POSCAR文件。———by 王非凡 (附件脚本版权归王非凡)

xyz2cif.zip

12.5 KB, 下载次数: 287

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https://www.zhihu.com/column/gangtangdft
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发表于 2022-3-1 19:16:35 | 显示全部楼层
之前每次使用都用CP2K的restart借助Multiwfn+VESTA才能转为POSCAR 有这个就方便多了
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新手上路

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发表于 2022-6-2 22:46:58 | 显示全部楼层
./xyz2cif.sh 运行了例子,报错如下:
*.xyz Read!
NO cif file!
./xyz2cif.sh: line 44: sflow: command not found
mv: cannot stat ‘POSCAR’: No such file or directory
The POSCAR_from_cif is Failed to generate
cat: POSCAR_from_cif: No such file or directory
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